Санитарно-эпидемиологическая служба Сахалинской области организована в апреле 1947 года на базе существующей службы после реорганизации и слияния Южно-Сахалинской и Северо-Сахалинской областей в январе 1947 года. Кадровое обеспечение санитарно- эпидемиологической службы в год образования осуществляли 18 врачей и 18 помощников в пяти санэпидстанциях. Руководила службой Алферова Н.В.
С 15.07.1948 по 27.06.1950 г. руководил службой Ким Григорий Иннокентьевич. Спустя пять лет в области было создано уже 26 санэпидстанций, и 13 из них имели свои приспособленные здания, в первые послевоенные годы основными задачами санитарного надзора области явились борьба с эпидемиями и вопросы санитарного благоустройства городов и сел.
Становление службы области прошло несколько периодов. Период создания санитарно-эпидемиологических подразделений, когда ведущим направлением работы была борьба с инфекционными заболеваниями, выпадает на 1947 - 1950 годы. С 20.09.1950 г. по 25.03.1955 руководила службой Островская Розалия Израильевна. Расширение и укрепление надзора, реорганизация санитарно-эпидемиологической службы в сельских районах приходится на период 1950 -1963 годов. В этот период с 25.03.1955 г. по 06.06.1961 года руководила службой Добролюбова Раиса Павловна, приказ о назначении по областной санитарно-эпидемиологической» станции № 144 от 1 ноября 1955 года. Последующее десятилетие (1965 - 1973 гг.) характеризуется созданием санэпидстанций в сельских районах, очень важным для этого периода является укрепление лабораторного звена службы и расширение штатной численности работников, большим достижением этого периода стало укрепление взаимодействия между оперативными и лабораторными подразделениями. В этот период к руководству службой по приказу Сахалинского областного отдела здравоохранения от 06.06.1961 г. № 287 был назначен Громов Андрей Иванович (с 06.06.1961 по 01.11.1972 г.). В эти годы в район прибыло значительное количество кадров. Прибыли 17 врачей, в том числе известные в Сахалинской области Г.Ф. Назаренко, А.И. Горобец. Много лет плодотворно трудились в СЭС медработники среднего звена Н.А. Шишкина, В.Д. Рундаева, В.Н. Наливайко, А.П. Ситникова, Л.А. Хваткова, Зинченко М.И. и другие. Большую работу проводили сотрудники СЭС по предупредительному санитарному надзору, застройке населенных пунктов, контролю за водоснабжением, санитарной очисткой территорий, питанием, условиями труда на предприятиях.
В 1976-1977 г.г. прибыла на работу группа молодых специалистов-врачей, которые много лет работают в нашем районе и области. Это Б.Б. Дарижапов, А.Н. Хан, А.В. Сизгунова. В эти же годы начали свою трудовую деятельность средние медработники Н.А. Бордюкова, Т.И. Карбаинова, Т.Я. Черных, Л.К. Прикащева, О.А. Равич. Для санитарно-эпидемиологической службы Сахалинской области, как и для страны в целом, период с 1973 по 1990 год характеризуется централизацией лабораторной службы, развитием специализированных подразделений и лабораторий, внедрением элементов научной организации труда, информационных систем, организацией слежения за санэпидфоном, централизацией управления и финансирования. По приказу заведующего Сахалинским областным отделом здравоохранения № 1107-АЛ от 30.10.1972 года назначается главным врачом областной СЭС Щербин Юрий Дмитриевич (руководил службой с 01.11.1972-20.10.1987 г.). С 20.10.1987 по 01.07.1996 года службой руководил Стиплин Юрий Афанасьевич по приказу государственного комитета РСФСР санитарно-эпидемиологического надзора от декабря 1991 г. № 82. По приказу от 14.06.1996 г № 162-к и.о. главного врача ЦГСЭН по Сахалинской области с 01.07.1996 года назначен Папиренко Евгений Владимирович; Сангадеев Дмитрий Иванович назначен главным врачом ЦГСЭН по г. Южно-Сахалинску, до этого занимавший должность главного врача ЦГСЭН в Макаровском районе.
Во исполнение распоряжения Правительства Российской Федерации от 13 января 2005 г. № 23-р в связи с реорганизацией издан приказ от 18.01.2005 г. №5 Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека «О проведении реорганизации центров госсанэпиднадзора». В апреле 2005 года, в рамках проводимой тогда Административной реформы федеральных органов исполнительной власти создана структура отличная от ранее функционирующих органов госсанэпидслужбы и представлена органом, осуществляющим контроль за выполнением законодательства Российской Федерации в сфере обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия и законодательства по защите прав потребителей – Управление Роспотребнадзора по Сахалинской области, и учреждения, обеспечивающее деятельность Управления – Федеральное государственное учреждение здравоохранения «Центр гигиены и эпидемиологии». Приказом руководителя Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека от 20.01.2005 г. № 57 был утвержден Устав Федерального государственного учреждения здравоохранения «Центр гигиены и эпидемиологии».
С 08.02.2005 по 01.07.2010г. Федеральное государственное учреждение здравоохранения «Центр гигиены и эпидемиологии в Сахалинской области» возглавлял главный врач Подолянко Игорь Александрович по приказу Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека от 08.02.2005 г. № 53-л. Им была проведена работа по организации работы на территории области 6-ти филиалов и 5 отделов санитарно-эпидемиологических обследований и экспертиз. В этот период в области проводилась большая работа по организации более эффективного типа взаимодействия территориальных отделов и филиалов, что позволяло в полном объеме проводить все мероприятия по обеспечению контроля за санитарно-эпидемиологической обстановкой на территории области. Совершенствовалась нормативно-правовая база по вопросам обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения. Была значительно улучшена материально-техническая база Центра, проводился в больших объемах текущий и капитальный ремонт, организована работа с ведущими НИИ страны.
По инициативе службы принимались целевые программы по вопросам профилактики инфекционных заболеваний, обеспечения населения доброкачественной питьевой водой и продуктами питания и др. Реализовывались программы по изучению состояния здоровья населения в рамках ведения социально-гигиенического мониторинга с подготовкой рекомендаций для принятия мер по устранению вредного воздействия на население факторов среды обитания человека.
В 2010 году Центр получил аккредитацию в области проведения работ по оценке риска. В этом же году Центром получено свидетельство об аккредитации на деятельность по обеспечению санитарно-эпидемиологического благополучия населения, обеспечение защиты прав потребителей и потребительского рынка.
Во исполнение постановления Правительства Российской Федерации от 26.07.2010 г. № 539 «Об утверждении порядка создания, реорганизации, изменения типа и ликвидации федеральных государственных учреждений и внесения в них изменений», на основании приказа Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека от 04.04.2011 г. № 350 утвержден устав Федерального бюджетного учреждения здравоохранения «Центр гигиены и эпидемиологии в Сахалинской области». Федеральное государственное учреждение здравоохранения «Центр гигиены и эпидемиологии в Сахалинской области» переименован в Федеральное бюджетное учреждение здравоохранения «Центр гигиены и эпидемиологии в Сахалинской области».
В 2016 году приказом Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека от 28.04.2016 г. № 358-л/о главным врачом ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Сахалинской области» назначен Дарижапов Бальжинима Бутитович.
Санитарно-эпидемиологическая служба Сахалинской области на сегодняшний день представлена: Управлением Роспотребнадзора по Сахалинской области с одиннадцатью ее территориальными отделами и ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Сахалинской области с пятью филиалами.
В 2017 году санитарно-эпидемиологическая служба Сахалинской области отметила 70 годовщину образования.
