В соответствии с письмом Министерства здравоохранения РСФСР от 15 июля 1988г. и в целях улучшения противоэпидемического благополучия населения в г. Южно-Сахалинске, 01 января 1989 года в городе Южно-Сахалинске была создана дезинфекционная станция с правами областной по профилактической дезинфекции. На момент создания, учреждение располагалось в бывшем помещении врачебно-физкультурного диспансера по улице Хабаровской, дом 56. Главным врачом назначен Заккис Юрий Александрович. С 01 февраля 1989г. в состав дезинфекционной станции приказом главного врача областной санитарно-эпидемиологической станции были переданы отделы профилактической дезинфекции Анивской, Корсаковской, Холмской, Долинской, Невельской городских санэпидстанций. В 1995 году дезинфекционная станция разместилась по адресу: г. Южно-Сахалинск, улица Чехова, дом 30В. После трагической гибели в 1994 году главного врача учреждения, по ходатайству коллектива дезинфекционной станции было присвоено постановлением Губернатора Сахалинской области от 06.01.1995г. № 7 имя Заккиса Юрия Александровича. В 1999 году дезинфекционная станция г. Южно-Сахалинска была реорганизована в Южно-Сахалинскую городскую дезинфекционную станцию им. Ю.А. Заккис.