23 апреля 1941 года Сахалинский областной отдел здравоохранения издал приказ № 80 об организации 10 апреля 1941 года двух межрайонных санэпидстанций в городах Александровске и Охе. Александровская межрайонная СЭС обслуживала свой район, Кировский, Восточно-Сахалинский и Широкопадский. Охинская СЭС – Рыбновский районы. Каждая санэпидстанция состояла из трех отделов: бактериологической лаборатории, бюро профилактической дезинфекции и эпидемиологической организации, состоящей из эпидемиологов, помощников эпидемиологов, дезинфекторов и прививателей. Начальником Александровской межрайонной СЭС была назначена Мария Иосифовна Пупенко. Кроме того, в ее обязанности входило и заведование лабораторией. С августа 1941 года до осени 1946 года начальником Александровской СЭС была М. Бекетова.
Первые годы деятельности санэпидслужбы совпали с тяжелым временем в жизни нашей страны. В довоенные годы на Сахалин прибывали переселенцы. Инспекторов-дезинфекторов и дезинфекторов для санитарной обработки командировали из числа прибывших на остров по вербовке. О жестких требованиях военного времени говорится в большинстве производственных приказов тех лет. Призванные для прохождения военных сборов врачи, лаборанты, дезинфекторы и другие сотрудники в течение одного дня передавали дела и получали полный расчеты. Обыкновенно такие приказы оканчивались записью: «по окончании военного сбора всем вышеуказанным лицам вернуться к прежнему месту работы». В ноябре 1941 года из-за нехватки кадров эпидрасследования проводились не в полном объеме, не устанавливались причины возникновения заболеваний, что, в конечном счете, привело к их массовому распространению. Поэтому помощников госсанинспекторов назначали помощниками эпидемиологов по совместительству. Было также, что санитарка бактериологической лаборатории по совместительству «зачислялась на работу по забору материала на бациллоносительство».